ho letto, adesso (sono troooppo sicero), che si può fare lanciando il setup di windows (winnnt32.exe) e cambiare la directory cambiandola nelle opzioni avanzate. Chiaramente bisogna eseguire l'installazione.
Non so (dubito) che le applicazioni presenti nel sistema continuino a funzionare dopo la reinstallazione di windows.
support.microsoft.com/kb/315242
The default installation folder is the \Windows folder. You cannot change the installation folder during Windows Setup except under the following circumstances:
• The Windows or %SystemRoot% folder already exists.
• You perform an unattended installation and specify the TargetPath= parameter in the answer file.
• You run the Winnt32.exe file from a working copy of Windows XP and change the location in the Advanced Options settings.